北京工商大学研究生教育始于1979年， 1981年成为国务院批准的全国首批具有硕士学位授权的单位之一，2018年我校获批博士学位授予单位，应用经济学、食品科学与工程获批一级学科博士学位授权点。学校2008年成立党委研究生工作部，与研究生部合署办公。2015年由研究生部更名为研究生院（党委研究生工作部）。2019年更名为研究生院（党委研究生工作部、学科建设办公室）。

党委研究生工作部负责研究生党建和思想政治教育，研究生奖惩、安全教育等日常教育管理，研究生骨干队伍建设及活动指导，研究生辅导员队伍建设等；研究生院负责制定各类研究生教育的发展规划，有关研究生教育教学方面的规章制度，组织制定并协调实施全校研究生培养方案及教学计划，管理全校各类在册硕士、博士研究生的成绩、学籍与学位工作，组织研究生指导教师遴选、培训、考核等工作。学科建设办公室负责我校学科规划和建设，组织编制综合和专项学科规划和建设方案，监督检查学科规划和建设方案的实施进展，制定学科建设经费使用和管理的相关规章制度，组织学科设置与调整、学科评估和硕士、博士学位点申报等工作。

研究生院（党委研究生工作部、学科建设办公室）在校党委和行政的统一领导下，与各部门和学院共同努力，以学校创建特色鲜明的高水平研究型大学为目标，以建设高水平学科为主线，以提高研究生培养质量为中心，以深化体制机制改革为动力，以加强和改进党的建设和思想政治工作为保证，紧密配合学校中心任务，强化服务意识，加强精细化管理，不断开拓创新，积极推动学校学科、学位与研究生教育的科学发展。