本专业建立在原北京轻工业学院1958年创建的国内最早的发酵工程专业基础上，1984年改建为生物化工专业（包括发酵工程和食品工程两个方向）。1998年根据全国本科专业目录修订，生物化工专业调整为生物工程专业，具有生物化工硕士学位授予权。生物工程是当代高科技的主要领域之一，生物工程综合技术已被普遍认为是人类21世纪彻底解决人口、资源、环境三大危机，实现可持续发展的有效途径之一。结合本校轻工行业的学科特色，本专业注重生物技术在食品工业、轻化工资源综合利用方面的应用，在天然植物生物活性成分的提取分离、果蔬食品的生物保鲜储藏、功能性食品配料的研发、传统发酵技术、化妆品生物技术等方面有特色。本专业研究生招生方向有：食品生物技术，生物分离工程，化妆品生物技术。

本专业具有较强教师队伍，现有教师14人，其中教授2人、副教授6人、讲师4人、实验员2人，具有博士学位11人（其中博士后6人），占教师总数79%，35岁以下占教师总数50%，平均年龄38岁，其中5位教师有海外研究经历，已形成一支年富力强、朝气蓬勃、一专多能、勇于创新和精于研究的高素质教学科研队伍。教师中有北京市科技新星2人，北京市高校中青年骨干教师1人，北京高校优秀共产党员1人，北京高校优秀辅导员1人，获北京市科学技术一等奖3人、三等奖1人、教育部科学技术一等奖1人，行业科技进步奖5人，数人担任过国家自然科学基金、科技部、相关部委和行业协会评审专家，数余人担任国际、国内和省级学术团体学术顾问和技术专家、国内学术期刊编委和国际国内学术期刊审稿人。

本专业依托北京市植物资源研究开发重点实验室平台，拥有微生物鉴定仪、超速冷冻离心机、正置显微镜、倒置显微镜、紫外和荧光酶标、细胞计数仪、基因扩增仪、液-质联用仪、气-质联用仪、高效凝胶色谱仪、逆流色谱仪等现代化生物仪器设备。为学生创新实践提供了一个良好的平台。